染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipition, ChIP)研究蛋白质与DNA相互作用的经典方法。结合高通量测序ChIP-Seq可以在全基因组范围内对蛋白结合位点进行高效而准确地筛选与鉴定,广泛应用于组蛋白修饰,转录因子调控等相关领域的研究。
染色质免疫共沉淀技术,转录因子、DNA结合蛋白、组蛋白的不同修饰可以通过与染色质的相互作用直接影响染色质的构型、构象及相关基因的表达。
数据解读分析内容:
- 数据产出、过滤和质控
- 下机数据过滤和质控图表,去污染、接头
- 数据比对、tag分布信息
- 比对结果
- tags在各个区域内的分布
- tag分布可视化
- 组蛋白修饰特征
- Peak基本数据统计
- Peak在各个原件的分布情况
- 差异组蛋白修饰区域
- 差异组蛋白修饰区域的鉴定和注释
- 差异组蛋白修饰基因
- 差异组蛋白修饰基因功能和通路分析
样本要求:
- 样品类型: ChIP富集的DNA(客户完成)
- 样品需求量:≥10 ng的ChIPed DNA
- 样品浓度:≥1 ng/µl
- 样品体积:≥20 μl
- 样品纯度:OD260/280=1.8~2.0
- 基因片段大小:分布在100~500 bp范围,且主带明显,提供DNA打断后的检测胶图