单细胞全基因组甲基化测序技术

单细胞全基因组甲基化测序技术（Single-cell Bisulfite Sequencing, scBS-Seq）是运用线性扩增技术，对单个细胞基因组DNA的甲基化水平进行单碱基精确检测。分离单细胞后，将细胞用特殊的裂解液进行裂解，并直接进行重亚硫酸盐处理进行转换。转换后的DNA作为模板，经随机引物扩增后进行高通量测序，检测全基因组的甲基化水平。该技术可应用于研究单个细胞内的基因组甲基化图谱，对胚胎发育、肿瘤干细胞等微量或异质性细胞的甲基化研究提供有力的研究策略。

单细胞全基因组甲基化测序技术是将单细胞分离后，通过单管酶反应，将细胞裂解后的基因组DNA连接接头，特异性的检测单个细胞的CpG岛和启动子等区域的甲基化信息。该技术可运用于胚胎发育、肿瘤干细胞等微量或异质性细胞的甲基化研究。

微量甲基化测序是指对5-10ng的基因组DNA或片段化的DNA，进行全基因组甲基化检测的技术。微量DNA样本的甲基化测序技术可应用于病灶组织、FFPE样本和cell-free DNA甲基化检测分析。

数据解读分析内容

1. 基本数据处理
   • 原始数据评估，去除接头与过滤低质量数据；
   • reads数量以及数据产出统计。
2. 基础生物学信息分析
   • 将测序数据与参考基因组比对，统计比对结果；
   • 基于比对结果，统计各C位点的甲基化修饰信息；
   • 测序数据的碱基覆盖深度及覆盖度统计；
   • 胞嘧啶（CG、CHG、CHH）甲基化水平统计；
   • 基因组甲基化分布及修饰特征分析；
3. 高级生物学信息分析
   • 结合项目背景的差异甲基化修饰位点(DMS)的鉴定、注释和分布分析；
   • 结合项目背景的差异甲基化修饰区域(DMR)的鉴定、注释和分布分析；
   • 结合项目背景的差异甲基化修饰基因的功能、通路和疾病等富集分析；
   • 结合项目背景，与其他多组学数据的关联分析。

样本要求

1. 细胞分离：由合作方完成单细胞分离
2. 样品要求：单个细胞染色质DNA量在0.5 pg-1 ng的范围，单细胞样本体积以不超过2μl;
3. 单细胞送样量：单细胞基因组扩增，建议重复单细胞样本个数不小于3个
4. 微量样本DNA送样要求：单个样本DNA量≥5ng，体积不超过30μl，无污染
5. 样品寄送：*使用0.2mL平盖PCR管收集样品。用Parafilm封口膜缠绕封口，装入PCR管盒，橡皮筋固定，再装入自封袋，大体积干冰运输