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详细介绍
在淀粉分解的同时，胚乳中的贮藏蛋白在蛋白酶的催化下生成氨基酸，并转移至正在萌动的胚中重新合成新的蛋白质。
蛋白质的分解是在蛋白酶和肽酶的共同作用下进行的。种子吸胀后，蛋白酶和肽酶的活性大大提高。蛋白质在蛋白酶的作用下水解成多肽；多肽在肽酶的作用下水解成氨基酸和其他含氮化合物。接着大部分水解生成的氨基酸被转运至胚并在酶的催化作用下重新排列组合合成新的蛋白质，进一步形成原生质和酶等；还有少数氨基酸经过转氨基作用与其他有机酸形成了新的氨基酸。
种子萌发过程中，胚乳和胚中的核酸发生显着的变化。种子吸胀后，胚乳中的核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）在相关酶的作用下被大量分解，含量大幅下降。
而胚芽中合成核糖核酸和脱氧核糖核酸却很旺盛，含量迅速增加。据测定，萌发后 4 小时～121 小时，胚乳中的 DNA 减少了 2/3 以上；而胚芽中DNA 的含量却增长了 15.9 倍，RNA 增长了 10.2 倍，可溶性核苷酸增长了 31.1 倍。休眠的玉米种子体内激素活性很微弱，或含量很低。种子吸胀后，激素的活性或含量就会明显提高，尤其以生长素（也叫吲哚乙酸）为代表。
种子萌发时，胚乳中生长素的活性和含量明显提高。发芽时，胚乳中以吲哚乙酸葡萄糖苷和吲哚乙酸肌醇的形式存在的无活性的IAA（吲哚乙酸）被水解分离成有活性的 IAA；同时胚乳中的贮藏蛋白质分解产生的*也能合成IAA。
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