变性梯度凝胶电泳系统

变性梯度凝胶电泳系统DGGE介绍：

变性梯度凝胶电泳法（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）分析PCR产物，如果突变发生在解链的DNA区域，检出率可达100％，检测片段可达1kb，适围为100bp-500bp。基本原理基于当双链DNA在变性梯度凝胶中进行到与DNA变性温度*的凝胶位置时，DNA发生部分解链，电泳迁移率下降，当解链的DNA链中有一个碱基改变时，会在不同的时间发生解链，因影响电泳速度变化的程度而被分离。由于变性梯度凝胶电泳法是利用温度和梯度凝胶迁移率来检测，需要一套的电泳装置，合成的PCR引物在5`末端加一段40bp-50bp的GC夹，以利于检测发生于高熔点区的突变。

DGGE原理：

(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)的原理是使用一对特异性引物，PCR扩增微生物自然群体的16s rRNA基因，产生长度相同但序列有异的DN段的混合物。然后用变性梯度凝胶电泳分离产物混合物。变性梯度凝胶电泳DGGE胶是在6％聚丙烯酰胺胶中添加线性梯度的变性剂，变性剂的浓度由上到下，从低到高成线性梯度。在一定温度下，在同一浓度的变性剂浓度下，序列不同的产物，其部分解链程度也不同，而产物解链程度又直接影响其电泳迁移率，结果不同的产物在凝胶上分离开来。在引物的5’端加上40个碱基左右的G-C串可使变性梯度凝胶电泳DGGE对序列差异的分辨率提高到近100％。所以变性梯度凝胶电泳法可用于微生物群落结构的研究、微生物种群动态的分析、富集培养物及分离物的分析、核糖体RNA同源性的分析。但由于在PCR扩增过程中可能存在碱基插入的错误、不同微生物细胞破壁难易的不同等而造成分析结果的偏差。

DGGE应用领域：

DGGE变性梯度凝胶电泳系统主要应用于环境样品细菌、古细菌、真菌、真核微生物的多样性分析（土壤、水等样品无需培养，直接提取DNA扩增检测）动、植物体内外共生微生物的检测；食品微生物的检测；医学领域碱基突变的检测，杂合子检测等等。

DGGE的特点：

DGGE凝胶具有变性剂浓度梯度，可以根据DN段的退火温度分辨不同片段，分辨率可达到一个碱基。

DGGE具有精密控温系统，比一般聚丙烯酰胺凝胶电泳具有更高的可重复性。

DGGE可以对环境样品DNA的PCR产物进行分离进而克隆测序，比一般聚丙烯酰胺凝胶电泳仅仅根据片段长短进行分离前进了一大步。

几乎可以检出所有突变，无须对引物标记。

可将突变分子完好无损地同野生型分子分开用于进一步的分析。

可检测流感病毒基因多样性，遗传图谱分析，单核苷酸差异SNP检测。

可检测出象甲基化之类的DNA修饰。
DGGE实验流程：

DNA样品的提取→ PCR扩增→ DGGE电泳→ 带型分析→ 特征条带的测序

DGGE技术指标：

两段程控，每段长时间24小时，控制精度1秒

电压范围0-200V，精度0.1%，电流范围0-150mA，纹波系数0.1%

微电脑智能控制，中文液晶显示，具有过压、过流、过载和报警等装置

铂金电极插座裹覆于安全覆盖内，避免意外触及,降低缓冲区因高温蒸发

缓冲式槽体以玻璃材质制成，于电泳作业时，不因高温变形

完善的加热，搅拌，缓冲检测组件设计，使温度分布均匀达±0.2ºC

其中缓冲检测设计无需额外的蠕动泵，使缓冲区循环效果达状态

高精度和高可靠性，可对单碱基突变进行检测