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利用细菌、真菌等微生物生产的生物絮凝剂具有高效、无毒、可生物降解等显著优势. 但其各类利用方式都存在明显缺陷，比如，可能对微藻培养造成污染，需要额外的培养系统，涉及到复杂的分离纯化流程等. 另外，生物絮凝剂的絮凝机理和条件都还不甚明确. 因而，生物絮凝剂距工程化应用还存在很大距离. 同理，基于胞外聚合物的微藻自絮凝因絮凝机理复杂、絮凝条件不明确及涉及到复杂的种群控制要求等，可靠性较差，在微藻絮凝分离中可能只能起到锦上添花的作用.
基于*沉淀的自絮凝要求很高的pH值(>10.5). 这往往超出微藻正常生长所能达到的pH值范围，需要额外投加碱性物质，可能对藻细胞的活性和后续利用造成不利影响，因而，对微藻废水处理系统可能并不是合适的选择. 基于磷酸钙沉淀的自絮凝无需任何额外投入，在微藻自然生长的pH范围内(8～10)就能产生，能同步实现化学除磷，对微藻活性和藻细胞的后续加工利用可以忽略不利影响. 因而，不论是从废水深度处理，还是从藻细胞的采收利用等角度来看都是合适的分离采收方式之一. 后续研究应进一步明确其产生条件，并组合废水处理主体工艺的调整(取消强化除磷)、微藻培养方式的改进(高密度间歇培养、取消CO2供给，调节反应周期)等对其进行强化. 另外，还应重点关注微藻培养系统常年处于高pH条件下可能发生的种群结构和生理特性变化.

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人工生物净化  人工生物净化，是人为的创造条件使微生物大量繁殖，人工驯化微生物，利用微生物质新陈代谢降解水中有机物的方法，是目前国内外对生活污水二级处理的主体工艺。主要优点为：处理效果稳定，可以在一定范围内调节处理效率，处理工艺占地面积小。主要处理工艺如下：生活污水一沉淀(或气浮)一生物膜法一生物滤池(生物转盘、接触氧化、活性污泥法)一曝气池(氧化沟)一沉淀(或气浮)一消毒一出水。
自然生物净化处理  自然生物净化处理，主要利用土壤在的微生物和植物根系或水塘中的微生物作用使水中的污染物浓度降低。主要优点为：投资低(征地费l万元／hm 的情况下)、运行费用低、管理简单、需要的操作人员少。可以单独使用，也可相互组成联合处理系统。主要处理工艺如下：生活污水一沉淀一氧化塘(土地处理)一快速渗滤(满速渗滤、地表漫流)。
人工生物净化和自然生物净化  在土地资源丰富，地价相对便宜的城镇，采用人工生物净化与自然生物净化相结合的方法，在经济不发达地区有其实际意义。 

主要处理工艺为：生活污水一沉淀一曝气氧化塘一土地处理(农业灌溉)曝气氧化塘与土地处理都具有运行费用低、耗能少及管理简单等优点。曝气氧化塘能去除部分N、P、病菌和寄生虫。 
管道处理工艺  管道处理工艺是利用输送污水的挂表到加压作为处理设备，并在管内充痒，使污水在输送过程中进行生物处理，以减轻管道末端污水处理厂的负担。生活污水处理厂只需建设沉淀池，不用活性污泥回流，管道处理能力可在较大范围内灵活变化，与普通活性污泥法比较，可节约投资40％，运转费用低，适用与污水输送距离较远的城市(管道长度需6km—l 0km)。
畜禽养殖废水不论以何种工艺或综合措施进行处理，都要采取一定的预应对措施。通过预处理可使废水污染物负荷降低，同时预防大的固体或杂物进入后续处理环节，造成设备的堵塞或损毁等。
前处理(过滤、离心、沉淀)
针对废水中的大颗粒物质或易沉降的物质，畜禽养殖业采用过滤、离心、沉淀等固液分离技术进行预处理，经常使用的设具有格栅、沉淀池、筛网等。格栅是废水处理的工艺流程中必要的部分，其作用是阻拦废水中粗大的漂浮和悬浮固体，避免堵塞孔洞、闸门和管道，并保护水泵等机械设备。
目前，凡是有废水处理设施的养殖场基本上都是在舍外串联2至3个沉淀池，通过过滤、沉淀和氧化分解将粪水进行处理。