单细胞和微量细胞甲基化测序技术

单细胞和微量细胞甲基化测序技术是运用线性扩增技术，对单个细胞基因组DNA的甲基化水平进行单碱基精确检测。分离单细胞后，将细胞用特殊的裂解液进行裂解，并直接进行重亚硫酸盐处理进行转换。转换后的DNA作为模板，经随机引物扩增后进行高通量测序，检测全基因组的甲基化水平。

单细胞和微量细胞甲基化测序技术该技术可应用于研究单个细胞内的基因组甲基化图谱，对胚胎发育、肿瘤干细胞等微量或异质性细胞的甲基化研究提供有力的研究策略。单细胞RRBS测序（scRRBS）是将单细胞分离后，通过单管酶反应，将细胞裂解后的基因组DNA连接接头，特异性的检测单个细胞的CpG岛和启动子等区域的甲基化信息。该技术可运用于胚胎发育、肿瘤干细胞等微量或异质性细胞的甲基化研究。微量甲基化测序是指对5-10ng的基因组DNA或片段化的DNA，进行全基因组甲基化检测的技术。微量DNA样本的甲基化测序技术可应用于病灶组织、FFPE样本和cell-free DNA甲基化检测分析。

数据解读分析内容

1. 基本数据处理：
   • 原始数据评估，去除接头与过滤低质量数据；
   • reads数量以及数据产出统计。
2. 基础生物学信息分析：
   • 将测序数据与参考基因组比对，统计比对结果；
   • 基于比对结果，统计各C位点的甲基化修饰信息；
   •  测序数据的碱基覆盖深度及覆盖度统计；
   • 胞嘧啶（CG、CHG、CHH）甲基化水平统计；
   •  基因组甲基化分布及修饰特征分析；
3. 高级生物学信息分析：
   •  结合项目背景的差异甲基化修饰位点(DMS)的鉴定、注释和分布分析；
   • 结合项目背景的差异甲基化修饰区域(DMR)的鉴定、注释和分布分析；
   • 结合项目背景的差异甲基化修饰基因的功能、通路和疾病等富集分析;
   • 结合项目背景，与其他多组学数据的关联分析。

样本要求

1. 细胞分离：由合作方完成单细胞分离;
2. 样品要求：单个细胞染色质DNA量在0.5 pg-1 ng的范围，单细胞样本体积以不超过2μl;
3. 单细胞送样量：单细胞基因组扩增，建议重复单细胞样本个数不小于3个;
4. 微量样本DNA送样要求：单个样本DNA量≥5ng，体积不超过30μl，无污染;
5. 样品寄送：*使用0.2mL平盖PCR管收集样品。用Parafilm封口膜缠绕封口，装入PCR管盒，橡皮筋固定，再装入自封袋，大体积干冰运输